Przy projektowaniu ogrzewania podłogowego należy uwzględnić właściwą ilość miejsca na izolację. Poprawna grubość pokrywy izolacyjnej ochroni dom przed stratą ciepła do gruntu i podbudowy. Im grubsza warstwa tym lepiej, jednakże powszechnie przyjmuje się wartość przynajmniej 10cm dla posadzki na gruncie, natomiast dla stropu przyjmuje się wielkość przynajmniej 25mm. Poprzez zastosowanie właściwej warstwy ochronnej ocenia się, że 85% ciepła trafia z powrotem do budynku. Do izolacji podłogi stosuje się płyty ze styropianu typu EPS lub XPS. Styropian EPS tworzą spienione granulki ugniecione w blok, który następnie przecinany jest na mniejsze tafle. Jego powierzchnia zawiera pory, co zwiększa jego nasiąkliwość. Lepszym wyborem są płyty XPS, które oferowane są o docelowych rozmiarach. Płyty te mają jednolitą strukturę o płaskiej powierzchni. Istotną sprawą jest klasa styropianu, czyli ilość materiału zużyta na produkcję określonej paczki styropianu. Im większy ciężar tym cechy izolacyjne są lepsze. Do izolacji nie stosuje się folii metalicznej gdyż nie posiada ona cieplnych właściwości ochronnych. Rozkłada się ją w celu zabezpieczenia płyt ze styropiany przed wodą z warstwy betonu oraz do wyznaczania punktów na rury ogrzewania podłogowego.